进化论

       十九世纪初的时候，进化论渐渐萌芽，挑战神创论。拉马克提出了用进废退和获得性遗传。例如，长颈鹿因为要吃高处的树叶，就努力伸长脖子，每一个个体的脖子都变长了一点，然后遗传给它们的下一代。就这样每一代都伸长一点，就成了如今的长颈鹿。之后，达尔文提出了自己的进化论观点。他认为，是自然在对生物进行选择，不适应环境的生物被淘汰掉了，适应的则被自然保留下来，并将自己的适应性形状遗传给下一代。他反对拉马克的带有目的的进化，但仍部分接受用进废退，比如在人的盲肠问题上。
       但自然界仍有许多现象似乎无法用自然选择进行解释。雄孔雀长着极其美丽的羽毛并会在雌孔雀面前翩翩起舞，这些羽毛对于生存竞争来说似乎毫无意义，而只用来取悦异性以繁殖下一代。因而，达尔文认为除了自然选择以外还存在性选择。但很多人认为性选择一样可归入自然选择忠，至今科学界仍未达成共识。
       自然界中存在着各种利他行为，可分为亲缘利他行为、互惠利他行为、纯粹利他行为。亲缘利他行为可以用亲缘理论解释，该理论认为亲属的基因很相似，所以保护亲属就是保护自己的大部分基因。互惠利他行为显然是为了自己的利益。而纯粹利他行为只存在于人类当中。因而，在自然界，所有生物的利他行为都是出于自身利益。
在寒武纪物种以极其迅猛的速度发展，种类大大增加，似乎不符合自然选择的渐变发展形式。埃尔德里奇和古尔德提出了间断平衡理论，认为物种的发展会经历一个迅速发展的过程然后进入一个相对平稳期，按照这样的周期周而复始。分子生物学发展起来后，发现HOX基因专门调控生物外观形体，因而猜测寒武纪时HOX基因的变异大部分没有被自然淘汰，因而造成了物种大爆发。
       斯宾塞用“进化”代替达尔文的“演变”，用“适者生存”、“优胜劣汰”表达“自然选择”的概念，非常清晰，也让人感到一阵阵寒意。许多人由此创立“社会达尔文主义”，认为在社会中也应当采用自然选择，让能力不足的人淘汰出局，优秀的人繁育下一代，从而达到人种的不断进化。这种学说太过残酷，遭到激烈抨击。
       达尔文虽然提出了遗传，但不太明白遗传的机理。他提出了“泛生论”，认为遗传物质存在于生命体的各处。事实上，与他同时代的孟德尔已经发现了正确的遗传理论，甚至把自己的论文和书都寄给了达尔文，但达尔文并不相信孟德尔的发现。直到后来基因被发现，遗传学就此展开。
       在遗传学的基础上，威尔逊提出“社会生物学”，认为基因决定行为，不但动物如此，人类亦如是。许多人激烈反对，认为人很大程度上受后天影响。