恩格斯的这部著作问世以来就不断的受到攻击，在这些攻击中卢卡奇的攻击算是比较有名的一个。卢卡奇指出，取消了实践中的主体性，仅仅是保持概念的流动性，实际上依然是将辩证法视为了一种“科学”而取消了辩证法本身的革命性。这个指责可以被视为来自哲学的攻击的一个代表。另一方面，科学界本身也作出指责。有人会举出爱因斯坦的例子，虽然我不知道爱因斯坦是不是真的说过那样的话。当然，科学界取得的成就的同时，的确没有几个科学家承认自己受到了这部著作中“自然辩证法”的指导。
恩格斯试图在这本著作中发展马克思的唯物辩证法，这半句话是显然的，但是后半句我该怎么写呢？有两种选择：1）“恩格斯试图在这部著作中发展马克思的唯物辩证法，把它推广到自然界中”；2）“恩格斯试图在这部著作中发展马克思的唯物辩证法，把它推广到作为自然科学实践对象的自然界中”。在我看来，这两句话虽然只有细微的不同，但是却导致了两种截然不同的对待“自然辩证法”的结论。当然，我必须首先承认，恩格斯自己没有把这个问题说的很清楚。
如果我们按照第一句话来理解这部著作，结果必然是卢卡奇所批判的那种自然主义图像的“辩证法”，把辩证法诠释成一种独立于主体的纯粹的“科学”。但是这个任务事实上已经由黑格尔完成了，黑格尔的辩证法就是这样一种独立于具体的人的一种客观的唯心主义辩证法。这样的解读实际上完全忽视了恩格斯所处的哲学史的位置，甚至可以说，不看这部著作，我们也应该知道，这样的解读绝不是恩格斯的原意。但是反对的人会指出，恩格斯在较早的《反杜林论》中已经指出的“对我来说，事情不在于把辩证法规律硬塞进自然界，而是在于从自然界找出这些规律并从自然接出发加以阐发”，“自然界的一切归根到底是辨证地而不是形而上学地运动”。这很显然就在指出自然界本身存在着辩证法。
我承认恩格斯在处理这个问题上没有把话说清楚，不过我提醒诸位的是，恩格斯在1888年发表了马克思的《马克思论费尔巴哈》，其内容实质上是马克思《关于费尔巴哈的提纲：1、关于费尔巴哈》。第二部分实质上已经说明了恩格斯的一个基本立场：
“人的思维是否具有客观的真理性，这不是一个理论的问题，而是一个实践的问题。人应该在实践中证明自己思维的真理性，即自己思维的现实性和力量，自己思维的此岸性。关于离开实践的思维的现实性或非现实性的争论，是一个纯粹经验哲学的问题”。
马克思在生前对自己的学说用过的一个概念，即“实践的辩证法”也很清楚的显示，“实践”是马克思学说贯穿始终的内核。这一点恩格斯显然是很明确的。故，我认为恩格斯在《反杜林论》和《自然辩证法》的叙述，必须在“实践”的基础上进行解读，才有可能解读出原本的含义。也就是说，事实上这里的主体向度并没有取消，而是隐晦的表现出来。当然，我们也可以说，事实上实践证明了实践的辩证法的正确性，而恩格斯即使在无意中也透露了这一点。
我们应当沿着第二句话进行理解，即“恩格斯试图在这部著作中发展马克思的唯物辩证法，把它推广到作为自然科学实践对象的自然界中”。事实上，凡是我们今天已知的自然科学的知识，都是通过人类的实践得到的，同时凡是今天我们未知的自然科学的知识，也必然需要通过自然科学研究这种实践形式来告诉我们。自然科学本身就是一种实践形式，没有人类主体向度的能动，自然科学的知识不可能从天上掉下来，同时如果不存在人类的实践活动，那么自然界究竟以何种形式运动，与我们就毫无关系，就好比讨论对于对我们毫无影响的某天体究竟是辩证的，还是形而上学的运转，是毫无意义的。
因此，恩格斯通过自然科学的发展来证明自然辩证法，实际上就是在用人类实践的结果证明实践的辩证法的正确性。故，辩证法必须在人类的总体性的实践过程中才能检验，而不是那些直观的、感性的经验性事实所能反驳的，它们不是一个层面的问题。因此，那些试图通过自然科学家即使不懂辩证法依然取得伟大成就来反驳自然辩证法的人，显然是用局部的实践来代替作为人类生活形式的实践，进而以偏概全的进行攻击。这显然是错误的。即使是恩格斯，也指出“为了认识这些细节，我们不得不把它们从自然的或历史的联系中抽出来”。故，自然科学家事实上是一种局部的研究，本身的出发点就是无条件的，将对象首先静止化，孤立化，然后进行研究，这本身就是形而上学的。科学，就意味着局限，这也是辩证法中“一”与“多”的辩证关系所揭示的。
恩格斯在这部著作中指出的乃是作为总体性的人类实践的自然科学与社会和历史一样，都贯穿着有限性、否思性与运动性。我再强调一遍，这里和自然科学本身就不是在一个层面上的问题。同时，我们也不能不指出恩格斯的叙述上的错误，也就是片面的强调了客体向度的“科学”，而忽视了自然科学同样包含着人类的实践，是自然界向着我们的展现，而绝不仅仅是自然界本身的展现，对于后一个问题，已经是一个经院哲学的无聊话题了。诚然，因为存在着这种错误的解读，导致了日后马克思主义的自然化，进而导致了教条化，最后彻底的蜕变成一种形而上学的资产阶级意识形态，人的主体性彻底在历史或者自然的所谓“规律”中泯灭。这个过程就是苏联意识形态形成的过程，也可以看到，苏联的社会主义不过是表面文章罢了。