好像无论中外，对于真实的历史，都喜欢用一种夸张的方式来进行描述，更要命的是，为了简化人们对于该历史事件的理解，人们还常常试图用一种二元化的方式来进行叙述。
用二元化的简化法则来看待世界，这是我们老祖先传给我们的法则，对于远古时期的人类在险恶条件下的生存，简化对于周围世界的认识，是极有必要的，然而这种看待世界的方法，却会让我们现代人类经常对历史人物的臧否有失偏颇。
比如对于人类科学革命史上的两个重要人物哥白尼和伽利略来说，人们通常的历史记述是：把他们两人描写成正义凛然的，不受胁迫利诱的忠实科学教徒，而那帮教会一干人员，便是邪恶的化身，甚至把追求真理的布鲁诺烧死在了火刑架上。
然而，哥白尼一生中的大部分时间都在担任大教堂的教士，甚至，如果不是几位有地位教士的催促，可能哥白尼的科学成果永远都不会发表。书中举了一个例子：当教皇的私人秘书于1533年讲述了哥白尼体系后，当时的教皇克雷芒七世和一些红衣主教听后显得很高兴。
根据书中的说法，甚至科学巨匠开普勒之所以确信哥白尼的学说，部分原因是因为日心宇宙为三位一体提供了物理上的对应：位于中心的太阳象征圣父，接收和反射太阳光的恒星天球象征圣子，两者之间充满光的空间则象征圣灵——而哥白尼也曾经对《圣经》中的某些段落作了重新阐释以便支持日心说。
从以上描述我们知道，那种“科学家”与“宗教人士”奋力斗争的模式并非主流，中世纪到17世纪这段时间，很多时候“科学家”本人就是虔诚的宗教徒，神职人员与自然科学研究者的重合比例也相当高，只不过人们为了让故事好看或者其他目的，而对真实事件进行了简化和夸张，甚至编造了部分历史，比如对于伽利略对天文现象的观测，罗马的耶稣会提供了关键支持，甚至还在1611年举办盛宴向伽利略表示敬意。
而被人们所津津乐道的伽利略被软禁的真实过程是：教会要求伽利略在找到强有力的证据之前不得认为日心说是正确的，伽利略也同意了，然而伽利略在经过教皇许可的出版作品《对话》中，还是在述的末尾表述了日心说的观点，尽管教皇要求严惩伽利略，但几位红衣主教都没有在判决书上签字，他最后只是被软禁在了一座别墅中——他在那里继续工作、讲说和著述。
事实上，不仅是科学革命与宗教密不可分，近代科学与中世纪的研究也不能分割，根据书中作者的描述，近代早期的人试图回答的许多问题都是在中世纪提出的，而用于回答它们的许多方法也源自中世纪的研究者。
之所以如此，就不得不提到文艺复兴了，14世纪中叶，一场黑死病席卷欧洲，甚至一半儿欧洲人因此丧命。幸存下来的人们开始逐渐审视起了人本身的意义和力量，米开朗基罗著名的雕像《大卫》便是强有力的注解，也就是“人文主义”。
人们开始重新重视起了古代的传统，古罗马与古希腊的建筑与文字开始重新被重视起来，大量的古代天文学、物理学、医学、光学、炼金术、数学和工程领域知识开始被人们重新认知并发现了其价值。
科技开始进步，观念也随之创新，在发明了活字印刷术、进行了地理大发现和基督教改革之后，终于也为后来的科学革命奠定了坚实的基础。
而哥白尼的日心说、哈维的血液循环理论、牛顿的万有引力平方反比定律——则构成了我们现代对世界的理解的基础。其中牛顿的“万有引力定律”，她的重要意义如何强调也不过分：在此之前，人们尽管也有着惊人的科学发现和快速的发展，然而却未成体系，很多科学成果还处于各自为战的阶段，正是人类历史上仅次于伊甸园的一颗苹果，敲开了人类发现现代科学的大门，人们终于开始把地面上的物体与天体运动对立统一起来，也终于发现了力的规律对于自然的重要意义，终于有了能够上天入地的基础理论，并且也因此推翻了很多神学论上的假说，解放了人类的思想……
不过随着现代科学研究的越来越深入，像牛顿这种横跨几个领域的大牛学者也越来越少了，比如当代的很多诺贝尔物理学生物学等奖项得主很多都成了多人协作研究共享，现代科学的研究者的学术范围也越来越专业化和塔尖化，普通人再也无法理解当代的前沿科学都在做些什么和其意义。我们的物质和思想发展确实越来越成熟——只不过，不知我们未来是否还具有因为全面而开放的眼界，而再一次出现爆炸发展的能力。
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