1.进化论的名称
进化，其实用“演化”更加合适，严复的《天演论》名字就起的很好。不过为什么会有这个问题？在《演化》中，似乎给出了答案。在当时，已经有了几种“进化”理论，来解释物种的差异，但基本都是认为物种是链式进化，是逐步变得更加高级的过程。所以，当《物种起源》初次登场的时候，大家也把它当做进化理论的一种，所以会有名字上的问题。
2.进化的选择
常见的问题就是，认为动物是逐渐为了适应环境而改变身体，进而变化的。比如鱼爬上陆地，常见的说法就是，鱼为了适应干旱或者为了陆地上的食物，鱼鳍逐渐进化成腿，从而走上陆地，成为四足动物的祖先。然而正确的说法应该是，类似四足动物的身体结构已经出现，这些先祖们并不是为了爬上岸而进化成四足，四足已经存在，四足只是正好被上岸的动物使用而更适应陆地环境而已。这种变相的“用进废退”理论是进化论中最常见的误解，需要格外注意。
3.双胚层到三胚层
从基因层面来看，脊椎动物的基因中最重要的工具箱一旦进化出来，后面所有的各种动物形态、功能各异的器官，都只是基因的一些小改动而已。正是这些基因的变化产生了如此丰富的动物世界。然而，这就产生了一个重大问题，从双胚层动物到三胚层动物，这个进化是一种巨大的改变，是一个基因工具箱从无到有的进化，这种进化是可以通过基因突变、自然选择而产生么？书中并没有具体讨论，然而我觉得这是个大问题。三胚层之后的进化，可以只是基因的修修补补。但是从双胚层到三胚层不是简单的基因突变可以解释的。我怀疑这里面会有类似叶绿素或线粒体那样的融合进化过程，或者其他的特殊情况。
4.物种大灭绝
生物的进化如果能一直平稳进行，那么现今世界肯定是另一番模样，物种会更加丰富多样。然而亿万年间，生物经历了多次大灭绝，使得物种生生灭灭，世界也是大变模样。所以有那种认为世界如果重回初始时代仍能进化出现今世界的科幻小说，其实是完全错误的。如果重来一次，这个世界将是完全不同的样子，人类可能都不会存在。
5.奇妙的基因
生命就是基因，基因就是生命。基因是整个世界最大的奇迹。然而，从根本上说，基因仍然是一种偶然产物，如果重新来过，还会出现基因，出现生命么？虽然仍然可能，但是基因的结构可能完全不一样了吧。
6.进化的未来
进化的未来会是什么样的？人类会继续进化么？会不会有更智慧的生物进化出来？会不会再一次的跨越式进化，类似二胚层到三胚层？我们还难以回答。进化都是长时间量级的，而人类却在短短几千年内改变了整个世界。环境污染，物种灭绝，这些对进化的未来会有怎样的影响？还不得而知。
7.人是猴子变的？
常见的误解，还有很多根源上类似的误解。实际上，人与猴子是有一个共同的祖先，从这个祖先分别进化而来。不过，这个祖先可能既不像猴子也不像人。在自然选择作用下，同种的生物，可以进化成差异很大的新物种。