林毅夫的新结构经济学的核心思想可归纳为，第一，一个国家的产业发展要遵循比较优势，即资源禀赋优势；第二，为了给企业一个充分体现资源稀缺性的价格体系，需要一个国家具有充分竞争，自由的市场经济；第三，政府在产业发展的引导上具有非常重要的作用，主要体现在外部性，信息协调和基础设施上。林毅夫同时给出了一个颇具操作性的产业发展和甄别框架，试图为发展中国家的产业发展战略提供一个具体的具有实际意义的指导。
对于上述理论，其可能的缺点在于，第一，大部分经验来源于中国的发展实际，但由于其经济体量和人口规模，中国的经验对于其他发展中国家而言，具有多大的借鉴作用，值得商榷；第二，新结构经济学的这些思想仍然停留在经济现象的表层，缺乏对于一个国家经济发展内在，深层因素的深入分析。