本书的主要篇幅无疑是在阐述进化论：澄清进化论的一些观点，将之与一些看之相似实则不同的主义进行比较，以及对一些不同声音的回应。
但毕竟进化论是个在很多地方都会被讲故事一样涉及到的理论，所以我想先说一些别的：科学哲学与生物学科普知识。
很明显的，古尔德先生绝对不仅仅是一名古生物学家，他有着良好的哲学素养，即使抛开达尔文主义与拉马克主义这种在科学史相关文本中一般都会提到的案例，作者着重描写的对归纳主义的反思，"观察渗透理论“，与一笔带过的还原论原子论都是典型的哲学，确切的说是科学哲学论题。本书的第五节，直接扔进一本科哲书中也绝不会显得不协调。
归纳主义
第5节中，达尔文自称是通过归纳主义而获得的成就。但是作者由对达尔文具体研究方式的研究推翻了达尔文自己的说法。这种事情其实乍一看是有些滑稽的：达尔文是怎么做的别人比他自己了解得更透彻吗？但我却非常赞同作者的观点。
在达尔文的国家和年代，归纳主义确是应当比较盛行的。无疑他的同胞前辈培根对于归纳方法在英国的大盛行刻下了难以磨灭的痕迹。自他之后，整个英国学界对于归纳都推崇倍至。甚至有时牛顿的发现也会被解读为，从苹果落地归纳出了万有引力。
归纳法对于多次出现的单一而明确的事实的确有总结作用，例如每年的某个时段，某种作物都会成熟，于是归纳出该作物的成熟季为XX，这完全没有问题。但归纳主义认为，只要将事实都收集，并且正确的分类分析，真理就会自然的浮出水面。要从不同的事物中，要归纳出同一的规律，比如地球与太阳之间的作用力，与地球和苹果之间的作用力，是同一种力，这恐怕不是仅仅归纳而能得出的了。这一定需要些灵感。
在该书的第22节，柯克帕特里克就是生动的例子。他用同一种方法，在一个问题上得出一个偏僻而正确的结论，在另一个问题上则得出了一个怪诞而荒谬的假说。但作者对此表示了理解，天才和疯子只有一步之遥，没有那些奇怪的脑洞，我们必定会少了很多伟大的理论。
进化论无论是这其中之一。
人类思想上的两大革命，哥白尼和牛顿让人类所处的地球成为宇宙的一部分，哥白尼的思想已在千年多前由阿里斯塔克斯所提出过，而牛顿将天之力与地之力认为是同一种力，在当年的情形下，未尝不可能受到柯克帕特里克的待遇。这岂是仅仅靠着归纳能得到的？如果能，那些总结出复杂历法的巴比伦人，玛雅人和我们古代中国人，应该早就总结出来了吧？
而作者还称，达尔文事实上不断地提出，检验和放弃各种假说，则有着浓郁的证伪主义的味道。相传波普尔当年十分受科学界待见，应该是真的。
观察渗透理论与还原论
作者在书中几次提到，科学的理论是受文化思想环境影响的，其中以第23节为最盛。人们就根据当时最盛行的观点，而有倾向性的将一些无机物当做了无机物与有机物之间的过渡型，深海虫与始动物。
第8节的末尾，则黑了一下还原论。还原论或还原主义认为复杂的系统、事务、现象可以通过将其化解为各部分之组合的方法，加以理解和描述。虽然有的学派表现出很不喜欢还原论，毕竟有时候部分与部分组合起来会表现出很不同于部分之和的特性来，这是还原论所难以解释的。而迪昂蒯因的整体论也对单个理论的可证实性表达了严重的怀疑。但还原论在过去的很长一段时间里，毕竟是产生了重大的成果，而时至今日的粒子探测，也不可说与还原论并没联系。
而本书中很多小知识让我耳目一新，深感世界的惊奇。
1.生物时间
所有哺乳动物，无论大小，一生中大约呼吸2亿次，心跳8亿次。小型动物的生命节奏比大型动物快得多，因此，虽然天文时间上它们的生命差了不少，但从生物学意义上讲，它们所经历的生物时间可能是差不多的。
2.力对生物的作用
对于大型动物而言，最主要的作用力是引力，因为它们的重量;
对于昆虫而言，最主要的作用力是摩擦力与张力，因为它们的表面积比体面积发挥了更主要的作用；
对于细菌而言，则要抵抗布朗运动的分子振动，斯托克斯定律的抗性，液体的黏稠性还有电离介质的电子交换。
3.化石的时间刻度
珊瑚和鹦鹉螺的化石可以告诉我们数千万上亿年前的天文情况。
4.人类的幼态持续
这是作者的观点，认为人类之所以大脑格外大，寿命格外长，是因为幼小状态相比其他物种，包括其他灵长类，都维持得长得多。
5.个体与功能的内外分布
小型动物会将大量的功能置于表面，而大型动物因为表面积不够用，必须将功能置于体内，最典型如肺和肠。
6.雌雄比例
由个体利益最大化推论雌雄比例几乎都维持均衡：因为如果多雌少雄，那么生出雄性后代能使自己基因扩散得更广，而这样一来，会导致越来越多的雄性出生，在这一过程中，性别又逐渐恢复平衡。
进化论
进化论其实概括来说真的就是那句老话：适者生存。未必是优胜劣汰，只是适应与不适应。而它的作用机制就是两步：1.随机性的遗传变异；2.自然选择作用于无倾向性的变异上，能留下的留下，不能留下的消失。
与拉马克主义的不同是，拉马克主义认为进化是有自主倾向的：”想往某个方向进化，就往那个方向进化“。孟德尔式遗传实验并没有发现证据支持拉马克主义，但人类文化的进化方式似乎是符合的。
均变论或剧变论都不是进化论中必定包含的论点。
最后，关于林奈林系与新几内亚部落在命名方式上的相似性，我个人认为不应该是值得惊奇的一件事。要知道林奈本人是18世纪的人，彼时的博物学分类方式也主要是通过肉眼识别外貌和结构特征，与部落的方法没有本质不同。相似的方法得出相似的结论，应该是很正常的才对。至于物种是不是人脑的虚构，用同一个种群的思维来衡量，未必科学吧。