作者应当真心不太懂科学，用时兴的话说，文科生写科学的感觉。比如最基本的一点，数学到底算不算科学，似乎也没有太搞清楚。一些数学，物理理论应当并没有学习过，只是从科普著作那里看了个大概。比如像写非欧几何，以及后面相对论，现代物理学这些，让人看了只感到好笑。而且举例比较片面，感觉从头到尾一直在洗地，而且读了以后你绝对会觉得爱因斯坦是个虔诚的基督徒。
这种洗地也比较片面。一来，科学与基督教并不是方方面面都冲突，矛盾主要集中在地质学，生物学，心理学几个领域。回避掉这几个领域，集中谈没有什么冲突的领域，其实是回避问题。二来早期的时候，科学之光并未照亮世界，很多事情不清楚，一些事情潜藏在阴影之中。现在很多事情已经很清楚了，所以对立也很明显。用早期科学家那时候的一些想法，来论证，其实就是用现在的情况生套古人....早期的哲人，甚至认为理性，求实是基督教的核心，神性的核心；但现在对于基督徒来说，理性已经是信仰的敌人了。无他，科学之光照亮了太多以前阴暗的地方，我们看到的更多，所以也就清楚更多的矛盾的，有问题的地方。所以以前的很多东西无法简单的带入现在的背景中。开启路途的人并不太清楚路途将通往何方，虽然他们在时代的背景下有自己的信念——比如，相信一定可以用理性精神验证圣经之类的（在今天抱持这类信念，只能要么放弃理性，要么做自由派的文化基督徒了；但在古代很多事情还不清楚的情况下确是完全可以的）。所以忽略这一点——时代的背景，简单的讨论谁支持什么，谁不支持什么，给自己拉大旗，加加分，这种糊弄人的方法，还是早点被揭穿比较好。
现在科学已经从哲学中独立出来，也不再是神学的女仆。将来科学很可能会成为神学，或者哲学的老师。科学有自己的想法，这些想法甚至有深刻的哲学意义，启迪与促进哲学的发展，这是近现代哲学史上已经显现的。而再往科学是神学的女仆，科学其实还是被限制在某些框架中，这个方向论证，已经意义不大了，而且是无视历史的发展了。并非科学还局限在这几个框架中，而是作者在这几个框架中还无法走出来。