虽然完成了基本粒子的标准模型，但是关于自然界基本单元的探究还远远没有结束。现在我们发现，标准模型存在两大问题。 第一个问题是，通过过去十几年精密的宇宙观测发现，我们的宇宙主要是由标准模型无法解释的物质构成的，我们把这些未知的物质称为“暗物质”。宇宙中存在着大量无法观测到的“暗物质”，它们比标准模型物质的五倍还要多。暗物质是由未知的基本粒子构成的，它不属于标准模型17种基本粒子中的任何一种。暗物质的存在告诉我们，作为描述自然法则理论的标准模型是不完整的，增加新的基本粒子的必要性摆在了我们面前。 现在世界各地都在进行着关于探求构成暗物质的未知基本粒子的相关实验。发现希格斯玻色子的CERN认为，暗物质是可能以人工手段生成并观测的。如果检测出暗物质，也就找到了改进标准模型的方向，人类关于本原法则的探究也会展开新的篇章。 另外，宇宙从大爆炸以来一直在膨胀，然而最近的研究发现，宇宙的膨胀仅仅用正常物质和暗物质已经无法解释了。根据爱因斯坦的引力理论（广义相对论），正常物质和暗物质应该是让宇宙膨胀减速的。然而，2011年诺贝尔物理学奖得主通过观察遥远的超新星，发现宇宙的膨胀在加快。这说明除了正常物质和暗物质之外，还存在某种能量在加速宇宙膨胀。这种未知的能量我们称之为“暗能量”，这种能量也无法在标准模型的框架内解释。