清廷经过政权更迭，平定太平天国之后，政权上在一定时期内维持着稳定。之后，清政府内有奕、文祥等主持朝政，外有曾国藩、左宗棠、李鸿章等镇抚，似乎景象一新。这段时期也被叫做“中兴”。有学者曾说过：“欧洲人的到来，中华帝国领土的扩大与中国人口增加一倍，这三个因素的相互作用，便决定了近代中国历史的方向。”外部的入侵和中国社会内部自我修复的需要，推动着中国社会向另一个时代过渡。 虽然太平军的失败给长江流域带来了安全，但另一武装集团捻军的力量却在逐渐壮大，它使华北本身面临巨大的威胁。捻军趁太平军动乱时开始由原来分散的组织发展为联合作战。清政府对其所投下的镇压力量之大不亚于对太平军的征剿。在安徽省西北角的一块农村根据地站稳了脚跟后，捻军频繁袭击了邻近各省，从而大规模地触发了各地的叛乱。令清廷很是头疼。 捻军问题越来越严重，并且有危及北京之势。他们部队使用了土炮和简单的火器，所以抵挡地方小股绿营军的能力就更强了。有些州县官员甚至出钱送他们离开辖境。 朝廷继续派出曾国藩剿灭捻军。各地动荡的局势使儒家文化建立起来的帝国制度经历了一次严峻考验。从起义军手中收复的城镇，民心需要安抚，民政需要恢复，这对于清朝统治者而言同样是一场考验。清朝出台一套抽取各省财政资源的办法，对于因战争受破坏的地方，田赋豁免。其他地方，鼓励耕作，发放粮种，安抚人民的反抗情绪。在与太平天国的对抗中，逐渐建立起来的地方武装，曾国藩的湘军、李鸿章的淮军、左宗棠的楚军都掌握有强大的军事武装。清廷收敛起一贯的傲慢气焰，大兴科举，增加考试取录名额以笼络人才，防止类似太平天国的出现，笼络更多人才维护清廷统治，客观上造成近代中国人思想进一步腐化。兴办洋务，主要在外交方面，与外国列强谋求共同合作。